1. O IAE é dirigido por uma comissão de três académicos efetivos, sendo um deles o seu presidente.

2. O presidente do IAE é eleito pelo plenário de efetivos, sendo os outros dois membros da comissão diretora eleitos, um, pelo plenário de efetivos da classe de Ciências e, o outro, pelo plenário de efetivos da classe de Letras.

3. O mandato dos membros desta comissão é de três anos, sendo permitida a reeleição.