A organização do Fundo do Arquivo Histórico (AH-ACL) tem por base dois eixos, entre os quais se estabelece uma correlação intrínseca: o estudo da história institucional, fundamental para a compreensão das sinergias geradas entre produtores de informação e a própria documentação, em paralelo com o seu contexto de criação e propósito fundacional; e a prática de classificação orgânico-funcional, de modo a sistematizar hierarquicamente as secções e séries documentais e respeitar a estrutura interna da Academia.

Em instituições desta natureza, cujo funcionamento e produção científicos gravitam em torno dos seus membros associados, a Coleção Processos dos Senhores Académicos do AH-ACL contabiliza cerca de dois mil sócios desde a fundação (1779), integra todo o tipo de documentação associada a uma individualidade no âmbito da atividade prestada ao serviço da ACL. 

Destacamos alguns sócios:

No séc. XVIII – Abade Correia da Serra (sócio fundador, eleito a 24-12-1779), Frei Manuel do Cenáculo (eleito a 28-06-1780); 

No séc. XIX – Francisco Gomes Teixeira (eleito a 30-06-1876), Alexandre Herculano (eleito a 21-02-1844); 

No séc. XX – António Egas Moniz (eleito a 20-01-1916), e a primeira mulher académica – Maria Amália Vaz de Carvalho (eleita a 13-06-1912). 

A Coleção Livros de Secretaria diz respeito a livros compósitos, produzidos pelos serviços administrativos ou compilador a posteriori, no momento em que se procedeu à encadernação de manuscritos avulsos sem distinção de órgãos produtores e tipologias documentais.

Esta coleção está dividida em duas séries:

Série A – a documentação corresponde a receitas e despesas dos estabelecimentos da ACL;

Série B - inclui Livros de Atas, correspondência dos sócios, registo de diplomas, correspondência oficial, etc.